L‘origine des cétacés s’est posé de la manière suivante : trois groupes dont deux modernes et un groupe ancien. Le groupe ancien se trouve dans l’Eocène supérieur (40 ma) ou l’on y trouve les cétacés premiers ou  « archéocètes ». Ils vont disparaitre graduellement pour laisser place aux mysticètes et aux odontocètes, en pleine phase évolutive. A la fin de l’Eocène (38 ma), les deux groupes modernes apparaissent, qui donneront la forme approchée des cétacés actuels. Un groupe  va influencer à l’évolution  des cétacés : la famille  des « créodontes »,  carnivores  à quatre pattes.

Une première histoire des cétacés est représentée par un créodonte vivant simplement près des rivières, occupant la niche de mangeurs de cadavres rejetés sur les plages par la mer. Puis, ils ont commencé à attraper les poissons piégés dans les lagunes temporaires littorales et les bassins. Ensuite, une mer riche en poissons à joué le rôle d’attracteur « passif » pour un « créodonte » devenu semi-aquatique un groupe de Condylarthres, les Mésonychidés, dont on retient le « Mésonyx », gros chien poilu, ancêtre des archéocètes.

Le changement océanologique majeur de la fin de l’Eocène entraînant une augmentation fabuleuse de la productivité des océans, est la cause de la seconde expansion des cétacés qui signe la différenciation de deux groupes modernes. La dérive des continents et les changements de climat ont aussi une influence sur les cétacés. De ce fait, les cétacés ont quitté la terre et sont retournés à la mer, comme l’avaient fait beaucoup d’espèces reptiles avant eux.